Luego de la fermentación, los granos poseen un contenido de humedad del 55%. Para su almacenamiento y posterior proceso deben ser secados hasta alcanzar 6 – 8% de humedad. Durante este proceso, siguen teniendo lugar las reacciones oxidativas de la fermentación. La técnica de secado más utilizada es por luz solar, debido a que induce el desarrollo de sabores más pronunciados en el chocolate. Para tal caso, se debe secar aproximadamente entre 12 y 20 días, hasta alcanzar el porcentaje de humedad ideal.
En regiones donde la presencia de luz solar es irregular, se utilizan secadores mecánicos a 60 – 70 °C. En general, la pérdida de peso por secado es de dos tercios del peso de los granos frescos